腕時計の保管方法に特に特別なものはありません。好みの場所に置いておいても良いですし、ケースの中にしまって保管してもよいでしょう。
ただし、金庫に腕時計を入れるのは控えたほうが良いかもしれません。確かに、セキュリティの観点から金庫に入れておけば安心ですが、金庫の中は湿気が溜まりやすく腕時計にとって良い環境ではありません。朱肉など水分を含むものを金庫に入れると短期間でカビが発生するぐらい湿気が溜まりやすい金庫。その中に腕時計を入れていた場合、特に防水性が低いモノなどは文字盤上にカビが生えるなど、価値に対して支障を及ぼすリスクが発生する可能性があります。